Инфоурок Другое ПрезентацииСистемная биология - модели

Системная биология - модели

Скачать материал
Скачать материал "Системная биология - модели"

Получите профессию

Бухгалтер

за 6 месяцев

Пройти курс

Рабочие листы
к вашим урокам

Скачать

Методические разработки к Вашему уроку:

Получите новую специальность за 2 месяца

Садовод

Описание презентации по отдельным слайдам:

  • Системная биология - моделиМ.Гельфанд «Сравнительная геномика»

БиБи 4 курс

    1 слайд

    Системная биология - модели
    М.Гельфанд
    «Сравнительная геномика»

    БиБи 4 курс

  • системная биология - моделипотоковые
линейное программирование
эксперименты
В...

    2 слайд

    системная биология - модели
    потоковые
    линейное программирование
    эксперименты
    Виткуп
    Палссон – необычные источники
    Палссон – мутанты
    кинетические – метаболизм
    регуляторные

  • Потоковые модели –стационарное состояниеЗадаем список реакций (стехиометриче...

    3 слайд

    Потоковые модели –
    стационарное состояние
    Задаем список реакций (стехиометрические соотношения)
    Задаем балансы метаболитов (синтезируется столько же, сколько расходуется)
    Задаем другие ограничения (состав среды)
    Максимизируем производство биомассы (её состав задан) или чего-то еще (АТФ)
    Это сводится к задаче линейного программирования: выпуклый многогранник задан линейными ограниченими типа равенств (балансы) и неравенств (положительные потоки), надо максимизировать линейный функционал

  • Уравнения баланса

    4 слайд

    Уравнения баланса

  • Пространство решений

    5 слайд

    Пространство решений

  • Что получается (кишечная палочка)заведомо таким образом можно предсказать при...

    6 слайд

    Что получается (кишечная палочка)
    заведомо таким образом можно предсказать принципиальные ограничения на выход продукта – полезно для биотехнологии
    Удовлетворительно предсказываются потоки в стационарном состоянии
    если лимитирует углерод
    если лимитирует азот – хуже
    потоки при необычном источнике углерода предсказываются хуже
    но хорошо после того, как на этом источнике жило много поколений – приспособление за счет регуляции?

  • мутантыфенотип предсказывается хорошо – но не надо было огород городить, дост...

    7 слайд

    мутанты
    фенотип предсказывается хорошо – но не надо было огород городить, достаточно рассмотреть топологию карты метаболических путей (если в результате мутации сильно удлинились пути до необходимых метаболитов, скажем, входящих в биомассу, то такой мутант не живет)
    к тому же тут внутреннее противоречие – данные о реакциях принципиально неполны, пропущенная (отсутствующая в списке) реакция полностью эквивалентна мутации
    и впрямь, находили новые реакции (в кишечной палочке)
    потоки предсказываются плохо, но:
    надо смотреть не глобальный экстремум, а точку в многограннике, ближайшую к старому экстремуму – тогда все правильно
    приличные предсказания, если прошло много поколений – приспособления за счет регуляции?

  • кинетические моделисистема дифференциальных уравнений, описывающих реакции их...

    8 слайд

    кинетические модели
    система дифференциальных уравнений, описывающих реакции их (изолированного) пути

  • пример (абстрактный)

    9 слайд

    пример (абстрактный)

  • система уравнений

    10 слайд

    система уравнений

  • разные виды кинетических уравнений

    11 слайд

    разные виды кинетических уравнений

  • пример (реальный) – синтез лизина в Corynebacterium glutamicum

    12 слайд

    пример (реальный) – синтез лизина в Corynebacterium glutamicum

  • кинетические уравненияфосфоенолпируват карбоксикиназа

пируват карбоксилаза...

    13 слайд

    кинетические уравнения
    фосфоенолпируват карбоксикиназа

    пируват карбоксилаза

    L-аспартат
    амино-
    трансфераза

  • проблемысложно как вычислительно, так и (главное) содержательно
основные проб...

    14 слайд

    проблемы
    сложно как вычислительно, так и (главное) содержательно
    основные проблемы помимо вычислительной сложности
    неустойчивые системы диф. ур.
    много параметров, часто не известных
    оценка параметров
    прямая (редко)
    косвенная – подгон решений под известный ответ (например, по зависимости концентраций веществ) – минимизация отклонения
    правила гигиены: оставить часть экспериментальных данных (не использовать при подгонке), потом проверить, насколько хорошо они воспроизводятся

  • результатыпри аккуратной работе удается предсказать эффект мутаций, оптимизир...

    15 слайд

    результаты
    при аккуратной работе удается предсказать эффект мутаций, оптимизировать систему, предсказать эффект замены ферментов (изменения констант, снятия ингибирования и т.п.)

  • кинетический анализ регуляциито же самое, только меряют концентрации факторов...

    16 слайд

    кинетический анализ регуляции
    то же самое, только меряют концентрации факторов транскрипции, образующих регуляторную сеть
    нет хороших результатов

  • 17 слайд

Получите профессию

Секретарь-администратор

за 6 месяцев

Пройти курс

Рабочие листы
к вашим урокам

Скачать

Скачать материал

Найдите материал к любому уроку, указав свой предмет (категорию), класс, учебник и тему:

6 626 334 материала в базе

Скачать материал

Вам будут интересны эти курсы:

Оставьте свой комментарий

Авторизуйтесь, чтобы задавать вопросы.

  • Скачать материал
    • 16.12.2020 115
    • PPTX 2 мбайт
    • Оцените материал:
  • Настоящий материал опубликован пользователем Названцева Елена Сергеевна. Инфоурок является информационным посредником и предоставляет пользователям возможность размещать на сайте методические материалы. Всю ответственность за опубликованные материалы, содержащиеся в них сведения, а также за соблюдение авторских прав несут пользователи, загрузившие материал на сайт

    Если Вы считаете, что материал нарушает авторские права либо по каким-то другим причинам должен быть удален с сайта, Вы можете оставить жалобу на материал.

    Удалить материал
  • Автор материала

    Названцева Елена Сергеевна
    Названцева Елена Сергеевна
    • На сайте: 3 года и 3 месяца
    • Подписчики: 0
    • Всего просмотров: 74730
    • Всего материалов: 212

Ваша скидка на курсы

40%
Скидка для нового слушателя. Войдите на сайт, чтобы применить скидку к любому курсу
Курсы со скидкой

Курс профессиональной переподготовки

Бухгалтер

Бухгалтер

500/1000 ч.

Подать заявку О курсе

Курс повышения квалификации

Специалист в области охраны труда

72/180 ч.

от 1750 руб. от 1050 руб.
Подать заявку О курсе
  • Сейчас обучается 42 человека из 21 региона

Курс профессиональной переподготовки

Библиотечно-библиографические и информационные знания в педагогическом процессе

Педагог-библиотекарь

300/600 ч.

от 7900 руб. от 3950 руб.
Подать заявку О курсе
  • Сейчас обучается 457 человек из 66 регионов

Курс профессиональной переподготовки

Организация деятельности библиотекаря в профессиональном образовании

Библиотекарь

300/600 ч.

от 7900 руб. от 3950 руб.
Подать заявку О курсе
  • Сейчас обучается 281 человек из 66 регионов

Мини-курс

Современные вызовы педагогической профессии: развитие профессионализма педагогов в контексте улучшения качества образования

10 ч.

1180 руб. 590 руб.
Подать заявку О курсе

Мини-курс

Проектный подход к рекламе: эффективные стратегии и инструменты

8 ч.

1180 руб. 590 руб.
Подать заявку О курсе

Мини-курс

Проведение и применение трансформационных игр

4 ч.

780 руб. 390 руб.
Подать заявку О курсе
  • Сейчас обучается 77 человек из 38 регионов